В марте 1885 г. священник Платон Тыжнов писал в Минусинск: «Имею честь довести до сведения Вашего следующее: 1-е Церковно-приходское училище открыто причтом в селе Верхне-Усинском 25-го февраля сего года…». Впоследствии Платон Валентинович в течение 12 лет безвозмездно исполнял обязанности законоучителя и заведующего местной церковно-приходской школой.
Итак, завершением в 1885 г. своего оформления на территории Усинского края Православная церковь создала предпосылки для его административно-территориального реформирования, что и произошло 30 декабря 1885 г., когда по Высочайшему повелению Российского императора Александра III из состава Минусинского округа был выделен Усинский пограничный округ. После этого православное население в крае стало увеличиваться гораздо быстрее, хотя в конце 1880-х годов по-прежнему их основная доля приходилась на торговцев, абаканских татар и рабочих золотых приисков (346 человек). Но уже в 1897 г. по данным Всероссийской переписи в приход Николаевской церкви входили: с. Верхне-Усинское (91 семья в составе 258 мужчин и 269 женщин, в том числе 11 семей военного сословия и 2 семьи инородцев, поселение Туранское (6 семей мещан, 14 семей крестьян и 1 инородческая семья), урочище Усть-Уса (11 семей инородцев). Но, несмотря на это, в последнее десятилетие уходящего XIX в. Николаевский приход столкнулся с определёнными трудностями. Через 8 лет после постройки, 25 декабря 1891 г. Николаевский храм сгорел, правда, церковную утварь удалось сохранить. Уже в конце марта 1892 г. прихожанами был построен деревянный молитвенный дом, при котором имелись колокольня и домик под церковно-приходскую школу. Вскоре происходят изменения в штате церкви. На должность церковного старосты в 1895 г. назначается крестьянин села Верхне-Усинского Григорий Исаакович Горев. В 1896 г. Стефана Суховского переводят в другой приход и псаломщиком назначается Павел Фёдорович Азбукин. После 15 лет службы в Верхне-Усинской Николаевской церкви, в апреле 1899 г. священник Павел Тыжнов покинул свой пост, а на его место заступил священник Павел Чижов.
После того, как сгорела церковь, вскоре был организован сбор средств на постройку новой. Собирали в течение 8 лет, но сумма пожертвований оказалась незначительной – всего 1788 руб. 28 коп, поэтому в 1901 г. прихожане вынуждены были обратиться к властям о выделении им финансовой помощи из казны. Такая помощь стала особенно востребована, когда 21 июля 1902 года от грозы сгорел и временный молитвенный дом. Уже через несколько дней Усинский пограничный начальник И. Харченко направил в Енисейскую духовную консисторию письмо, в котором просил помощи у Его Преосвященства в постройке нового храм. В декабре 1902 г. усилиями прихожан был построен новый молитвенный дом, но вопрос о строительстве нового храма с повестки не снимался и епископ Енисейский и Красноярский Евфимий, в свою очередь, в ноябре 1902 г. направил прошение губернатору Енисейской губернии Плецу М.А. с просьбой об оказании помощи в составлении сметы на строительство в с. Верхне-Усинском каменной церкви по проекту, имеющемуся в Святейшем Синоде. Однако, предлагаемый проект оказался слишком дорогим (около 30 тыс. рублей) и Строительное отделение Губернского управления предложило строить церковь деревянной. К сожалению, ждать положительного решения о строительстве нового храма в селе пришлось несколько лет. Тем не менее, несмотря на все испытания Усинский приход не закрывался. В церкви совершали обряды жители современных Ермаковского, Шушенского, Каратузского, Минусинского районов Красноярского края, Республики Хакасия, а также города Минусинска, в частности купцы Сафьяновы, Бяковы, Хабаров, Чирков и др.