В том же 1902 году произошли перемены и в штате Николаевской церкви. В марте месяце священник Павел Чижов был перемещен в село Ладейское Красноярского уезда, а на его место 11 августа 1902 г. был назначен диакон села Маторского Стефан Суховский, служивший здесь раньше псаломщиком. Через 2 года исполняющим должность псаломщика стал Николай Николаевич Суховский, который, правда, задержался в Усинске ненадолго, и в марте 1906 г. на должность псаломщика назначается уже Иван Гаврилович Воробьёв.
Молитвенный дом в с. Верхне-Усинском имел 3 десятины усадебной земли и 52 десятины сенокосов. Миссионерская же работа в Усинском крае к началу ХХ века на должном уровне так и не была налажена. В «Отчете Красноярского Епархиального Комитета Православного Миссионерского Общества за 1901 г.» говорилось, что село Верхне-Усинское «в ведении Миссионерского Комитета состоит потому, что в это село иногда заходят китайские подданные — язычники Сойоты; но миссия христианской проповеди по отношению к ним не имеет никаких плодов».
Однако, уже в начале ХХ века православное миссионерское служение в Усинском крае вновь активизировалась, как среди тувинцев (в меньшей степени), так и среди раскольников. Это подтверждают записи актов крещения, занесённые в метрические книги. К этому времени православное население в Усинском пограничном округе превысило численность местных раскольников. Согласно статистическим данным по Енисейской губернии за 1901 г. православного населения в Усинском пограничном округе проживало 1359 человек (755 мужчин и 604 женщины), а численность раскольников составляла 1286 человек (656 мужчин и 630 женщин), поэтому миссионерская деятельность здесь была направлена в основном против раскольников. Особенно активной она стала после объявления свободы вероисповеданий в 1905 году (с этого времени за раскольниками официально закрепился термин «старообрядцы»), вступления в 1906 году в силу Указа «О порядке образования и действия старообрядческих общин» и введения Правил для устройства сектантами богослужебных и молитвенных (религиозных) собраний в 1911 году. После Указа 1906 г. на территории Минусинского уезда были официально созданы три общины австрийцев (поповцев), в том числе и Николаевская община в Усинском пограничном округе (село Верхне-Усинское, деревня Нижне-Усинская, поселки Знаменский, Атамановский, Уюкский, Туранский). На старообрядцев Енисейской губернии власть распространяла Томская епархия.
В начале XX в. в Усинском округе произошло и административное реформирование. 1 января 1903 г. из отдельного Усинского сельского общества была образована самостоятельная Усинская волость. Требовалось дальнейшее развитие церковных институтов этой засаянской территории. Инициаторами в продвижении данного вопроса вновь становятся купцы и местные власти.
При Верхне-Усинской Николаевской церкви было образовано церковно-приходское Попечительство, председателем которого избрали пограничного начальника Александровича Владимира Антоновича. Позднее при Усинском пограничном Управлении была создана специальная комиссия. В апреле 1907 г. в «Журнале заседаний…» Комиссии была оставлена следующая запись: «…в видах распространения среди старообрядцев и урянхов учения православной церкви, Комиссия с своей стороны, находит необходимым просить: 1) о постройке в с. Верхне-Усинском на средства казны православного храма… 2) о назначении в Усинский храм особого Священника миссионера». Особый акцент делался на необходимость постройки большой церкви, ведь в 1906 г. в округе православного населения проживало уже 1816 человек, а старообрядцев 1391 человек.
Основная организационная роль в деле строительства нового храма в с. Верхне-Усинском возлагалась на Попечительский совет. Его новым председателем был избран недавно назначенный пограничный начальник Чакиров Александр Христофорович, членом совета — священник С. Суховский. В октябре 1907 г. участие в крестном ходе и закладке церкви принял один из тувинских нойонов.